بدأ انتشار المدارس في المسجد الأقصى المبارك في العهد الأيوبي وازدهر في العهد المملوكي.
ثانوية الأقصى الشرعية
تقع داخل الرواق الشمالي للمسجد الأقصى المبارك، بين باب الأسباط ومئذنة الأسباط. تم إنشاؤها في مطلع الثمانينات وهي اليوم مدرسة إعدادية وثانوية للعلوم الشرعية.
مدارس ورياض الأقصى الإسلامية
تقع في الرواق الشمالي للمسجد الأقصى المبارك، بين بابي حطة والعتم. أوقفها الأمير علم الدين سنجر الدوادار سنة 695 هجري-1295 م ودعيت باسمه قبل أن تتحول إلى مدارس ورياض الأقصى الإسلامية في مطلع الثمانينات.
المدرسة الغادرية
تقع بين باب الأسباط وباب حطة، تم بناؤها في العهد المملوكي من قبل مصر خاتون زوجة الأمير ناصر الدين بن دلغادر، وهو الذي أوقفها في زمن الملك برسباي.
المدرسة الباسطية
توجد فوق مدارس ورياض الأقصى الإسلامية داخل الرواق الشمالي للمسجد الأقصى بين بابي حطة والعتم. عمرها القاضي زين الدين عبد الباسط بن خليل الدمشقي سنة 835 هجري - 1452 م.
المدرسة الأمينية
تقع بباب العتم في الرواق الشمالي للمسجد الأقصى المبارك شرقي المدرسة الفارسية، أوقفها أمين الدين عبد الله وهو منشئها سنة 730 هجري - 1329 م، ومرت بمرحلة تعمير في العهد العثماني.
المدرسة الملكية
تقع بين المدرستين الفارسية والأسعردية، أقيمت في عهد الملك محمد قلاوون سنة 741 هجري - 1340 م.
المدرسة الفارسية
أوقفها الأمير فارسي البكي سنة 755 هجري - 1353 م، وهي متداخلة مع المدرسة الأمينية.
المدرسة الأسعردية
تقع داخل الرواق الشمالي للمسجد الأقصى بعد المدرسة الملكية، أوقفها مجد الدين الأسعردي سنة 770 هجري - 1368 م.
المدرسة المنجكية
تقع فوق باب الناظر في الرواق الغربي للمسجد الأقصى المبارك، أنشأها الأمير سيف الدين منجك سنة 763 هجري - 1361 م.
المدرسة العثمانية
تقع على باب السور الغربي للمسجد الأقصى المبارك جنوبي باب المطهرة، أوقفتها أصفهان شاه خاتون بنت محمود العثمانية سنة 840 هجري - 1437 م في عهد السلطان برسباي. وهي عبارة عن طابقين، جلهما خارج المسجد، والمصلى الموجود في البناء يطل على ساحات الأقصى، وقد استولى عليه اليهود وأغلقوا شباكه بالحجارة.
المدرسة الأشرفية
تقع في الجهة الغربية من المسجد الأقصى المبارك بين المدرسة العثمانية شمالاً ومئذنة باب السلسلة جنوباً. تسمى أيضاً السلطانية، بناها الأمير حسن الظاهري عام 875 هجري - 1470 م، لكن البناء لم يعجب السلطان قايتباي فهدمه وأعاد بناءه سنة 885 هجري - 1480 م.
المدرسة التنكزية
تقع بين باب السلسلة شمالاً وحائط البراق المحتل جنوباً، جزء منها داخل الرواق الغربي للمسجد الأقصى وجزء خارج المسجد. أنشأها وأوقفها الأمير تنكز الناصري سنة 729 هجري - 1328 م، ثم صادرتها سلطات الاحتلال عام 1969 وحولتها إلى موقع عسكري.
المدرسة العمرية
مجمع لثلاث مدارس إسلامية: المدرسة المحدثية، المدرسة الجاولية، والمدرسة الصبيبية. تقع في الرواق الشمالي للمسجد الأقصى المبارك على مقربة من باب الغوانمة. سميت بالعمرية تيمناً بالفتح العمري للخليفة عمر بن الخطاب رضي الله عنه.
المدرسة المحدثية
أنشأها عز الدين العجمي الأردبيلي سنة 762 هجري.
المدرسة الجاولية
أنشأها الأمير سنجر الجاولي سنة 685 هجري.
المدرسة الصبيبية
أنشأها الأمير علاء الدين بن علي بن محمد سنة 800 هجري.
المدرسة الختنية
تقع خارج المسجد الأقصى المبارك من الجهة الجنوبية، وبالتحديد خارج الباب المزدوج. وقد بنيت في عهد السلطان صلاح الدين الأيوبي.
المدرسة الخاتونية
تقع في الرواق الغربي للمسجد الأقصى المبارك بين باب الحديد وباب القطانين. أوقفتها أغل خاتون بنت شمس الدين القازانية عام 755 هجري، وأغلبها يقع خارج المسجد.